1862年4月25日，正当李鸿章准备带领淮军帮助薛焕的时候，朝廷突然下了一道命令，任命李鸿章为江苏巡抚。这在无形之中更加坚定了李鸿章的信心。此时，李鸿章也正面临太平军第二次攻打上海的危险处境，他知道自己必须要守住上海，否则会一无所有，同时，他也知道有太多的眼光正在注视着自己，因此他丝毫也不敢松懈。为此李鸿章给自己提出“不要钱、不怕死”的六字方针，不时地提醒自己，鞭策自己。
由于淮军大部分由穷苦的农民组成，他们不仅穿着破旧，并且行为举止不是很雅观，因此总是遭到上海官绅和洋人的取笑。他们怀疑这支队伍能否担任其保卫上海的艰巨任务。李鸿章对淮军自始至终都实行严格的军事管理制度，加大训练的强度，整顿军中的歪风邪气。在军事训练方面，其内容主要包括阵法操练和扎筑营盘；在纪律整顿方面，李鸿章实行点名制度，每天中午、晚上各点名一次，绝不允许士兵擅自出营，如果有谁吸食鸦片一定会受到严格的处理。正是李鸿章的精心管制和训练，淮军的士气非常高昂，并且他们在李鸿章的鼓舞下，都蠢蠢欲动，准备和太平军交战，一试身手。
当太平军将领李秀成率领十万大军对上海进行第二次围攻之时，上海的英法联军一再要求和李鸿章率领的淮军协同作战，但是李鸿章对他们的要求不予理会，并自己带领淮军进行独立的战斗。1862年6月，由于上海流行瘟疫，因此太平军中有很多人染上了疾病，无奈之下，李秀成决定撤离上海。然而在撤离之前，李秀成率领部队先围攻虹桥的程学启部，李鸿章得知情报后迅速带领队伍前去支援。