相传五六千年前，神州大地发生了特大的水灾，滔天洪水包围群山，淹没平原，大地一片汪洋。
当时，华夏大地上部落联盟的首领是尧，他派一个叫“鲧”的人去治理洪水。鲧治水九年，他采取水来土挡、堵塞水路的办法，结果水越堵越高，堤坝决口，洪水再次泛滥，鲧的治水以失败而告终。舜继承尧成为首领之后，派鲧的儿子禹去治理洪水，这就是“大禹治水”的传说。
根据记载，禹总结父亲治水失败的教训，改用疏通的方法治水。据说，禹治理水害是从川蜀一带的岷江开始的，他分岷江水进入沱江，再流入长江，减少了成都平原的洪水。
随后，禹又顺江东下来到了三峡所处的位置，这时的三峡还没有疏通，巫山阻挡了长江，江水无法顺畅通过，造成这里频发洪水。大禹便开始疏浚三峡，先是“决巫山，令江水得东过”，就是凿开了巫山，使长江之水能够顺畅东流。然后，他又凿开瞿塘峡“以通江”，开西陵峡内的“断江峡口”，终于使长江顺利通过三峡，向东流注大海。
相传，禹在疏通三峡时，还曾得到神女瑶姬的帮助。瑶姬是西王母的女儿，她邀了十一个姐妹，偷下凡间。当她们来到三峡巫山时，只见十二条恶龙兴风作浪，正在治水的大禹也被洪水围困其间。瑶姬十分敬佩大禹，决定助他治水，还送给大禹一本治水天书。