抗日战争爆发后，国统区宁沪等地出版社相继内迁。商务印书馆总经理处、正中书局、生活书店、读书出版社等迁移到了重庆。桂林成为国统区仅次于重庆的第二个出版中心，共有书店、出版社179家，出版书籍上千种。在上海“孤岛”时期，进步出版界甘冒风险，出了许多进步书刊，其中胡愈之等于1938年年初在上海租界里成立“复社”，出版进步书刊。复社出版的第一本书是斯诺的《西行漫记》（即《红星照耀中国》），这本当时第一次详细介绍红军长征的书出版后广为流行。之后，复社又出版了《列宁全集》、《论持久战》等书，并于1938年夏出版了《鲁迅全集》，全书共20卷，600余万字，收集了鲁迅从1906年弃医从文以来的绝大部分著述和译作。“孤岛”时期出版的图书还有上海良友图书公司出版的郑振铎编著的《中国版画史图录》，中华书局出版的柳亚子所著的《南社纪略》等。抗战胜利后，国统区各进步书店坚持出版进步书刊，如上海生活书店出版了恩格斯的《反杜林论》；上海亚东图书馆出版了新译的《马克思致库格曼的信》；石家庄新中国书局印行了《鲁迅全集》等。国民党发动内战后，对进步书店施加压力，查禁书刊，封闭书店。生活书店到1947年5月被迫停业，上海、北平、武汉、广州、西安等地的进步书店也因国民党的迫害而停业。