总之，这件糊里糊涂的梃击案，后来以处死张差和庞保、刘成三人了事。到底张差是有人指使还是疯癫发作，当时的人都无法搞清楚，今天就更不用说了。不过，这一事件无疑向整个帝国的臣民们表明，当今圣天子与文武大臣之间的矛盾已经到了白热化的程度。大臣要坚持祖宗家法，万历则“欲以神器酬晏私爱”，即因爱郑妃而欲立福王。两者相争，最后是祖宗家法和文官的执着打败了皇帝的无上威权。万历在位长达四十八年，当大臣们为了争夺太子册立而使他不快时，他采取了两千多年来皇帝中最独具特色的办法进行还击：罢工。
以皇帝的身份向臣僚作长期的消极怠工，万历是一个空前绝后的例外。他的这种消极怠工当然没有通过圣旨表露出来，但他的臣子们无不一清二楚。在梃击案前后，这种势头发展到了无以复加的地步。
不得不册立自己不喜欢的女人所生的儿子朱常洛为太子之前，万历想和臣子们打一场持久战，企图用长时间的消极怠工和威逼利诱来迫使文官集团屈服。最终他失败了。他的失败显然伴随着他的怨恨，这种怨恨导致了他进一步的怠工，进一步故意与文武百官闹别扭。