《五行志》为班固首创，记载了从古到汉的自然现象及与人事参验情况，罗列了董仲舒、刘向、刘歆等人的五行灾异学说，可说是天人感应学说的教材，因此历来受人攻击较多。但我们客观些分析就会得出如下认识：（1）这种学说在当时客观存在，而且流行很广，史家有责任把它记录下来。（2）在封建迷信外衣下，本志记载了许多自然现象及其变异情况，具有科学史研究价值。（3）志中的灾异说在封建社会里对最高统治者有警戒作用，志中修人事以胜妖孽的观点有积极意义。
《艺文志》是班固首创的篇章，是我国现存第一部目录学专著。本志在大小序中详述古代各家学派的学术特点及其得失，作了辨章学术、考镜源流工作，可抵一部学术简史。《艺文志》开创了史志目录这一目录学重要流派，推进了古代文献学的发展。《艺文志》也具有积极的思想价值。在东汉初图谶盛行之时，它却不收录谶纬之书，反映出人文主义倾向。在术数类各小序中，班固还表述了他对阴阳杂占、望星卜蓍等学说的怀疑及否定态度。
《汉书·儒林传》是儒家思想发展变化的专史。它与《艺文志》有机结合，再配以各学者的专传，较完整地反映出古代特别是西汉的思想学术情况。